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如何使用鸿研云超算运行自行安装软件
材料人计算客服小张     2023-06-28 微信扫码分享  
本教程简单介绍在个人文件夹中安装软件后如何运行。

对于鸿研云超算公共区已安装的软件,大家可以参照手册中的介绍,直接运行。

https://www.cailiaoren.com/zl_detail.php?dbid=365


如果公共区的软件不能满足您的需求,您也可以自行在个人文件夹内安装软件。


那么安装好后如何运行呢?只需要简单修改一下就可以


下面这个是利用公共区vasp计算的提交脚本


#!/bin/bash

#SBATCH -J vasp          # 任务名为 vasp

#SBATCH -N 1               # 使用一个节点进行计算

#SBATCH -n 16              # 使用16核进行计算

#SBATCH -t 240:00:00   # 任务最长计算时间 240 h


ulimit -s unlimited


cd $SLURM_SUBMIT_DIR

srun hostname | sort > slurm.nodefile # 输出作业节点信息


module load vasp/6.1.0  # 加载icc环境


(time mpirun -hostfile slurm.nodefile -np $SLURM_NTASKS vasp_std.6.1.0 > slurm.out) 2>>slurm.log


如果是提交自己安装的文件。


需要删除加载环境的任务,以及将原来的软件名称替换成绝对路径下的软件名。


20230628092256.png

例如在个人文件夹里把名为myapp的软件安装在/home/username/myapp/bin目录下,你可以这样设置:


(time mpirun -hostfile slurm.nodefile -np $SLURM_NTASKS /home/username/myapp/bin/myapp > slurm.out) 2>>slurm.log


或者可以在你的脚本中直接设置环境变量来指定软件的路径。在脚本上这样设置:


export PATH=/home/username/myapp/bin:$PATH


(time mpirun -hostfile slurm.nodefile -np $SLURM_NTASKS myapp > slurm.out) 2>>slurm.log



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